Возможно ли, чтобы WordPress не распознавал URL-адреса категорий?

Я бы выбрал способ, который предложил @toscho.

Во всяком случае, вот решение, которое полностью удаляет встроенную таксономию. Я бы не советовал вам его использовать (может вызвать неожиданное поведение).

/**
 * Remove built in taxonomies
 */
function unregister_taxonomy( $taxonomy ) 
{
    global $wp_taxonomies;

    // Here we can take a separated look at the built in taxonomies
    echo '<pre>';
        /*
        print_r( $wp_taxonomies['category'] );
        print_r( $wp_taxonomies['post_tag'] );
        print_r( $wp_taxonomies['nav_menu'] );
        print_r( $wp_taxonomies['link_category'] );
        print_r( $wp_taxonomies['post_format'] );
        */

    foreach ( $wp_taxonomies as $tax => $data )
    {
        // Only deal with _builtin taxonomies
        if ( $data->_builtin === true )
        {
            // Print out them name if it's builtin; check
            # print_r( $tax ); 

            // Now let's unset "category"
            if ( $tax == 'category')
            {
                // Check to be sure if we're dealing with the right one
                # print_r( $tax );
                unset( $wp_taxonomies[$tax] );
            }
        }
    }
    // double check after wards: have we been successful?
    # print_r($wp_taxonomies);
    echo '</pre>';
}
add_action( 'init', 'unregister_taxonomy' );

function check_unset_category() {
    // Now let's check inside our viewport (after footer) if we real got rid of the taxonomy
    echo '<pre>';
        print_r( $GLOBALS['wp_taxonomies'] );
    echo '</pre>';
}
add_action( 'wp_footer', 'check_unset_category', 999 );