Как создать страницу, недоступную через меню?

Вам повезло, фильтр есть. См. эту строку внутри wp_list_pages() :

$r['exclude'] = implode( ',', apply_filters('wp_list_pages_excludes', $exclude_array) );

Итак, просто подключитесь к wp_list_pages_excludes :

// add some new page ids to the exclude list
function my_banned_pages( $exclude_array ) {
    return array_merge( $exclude_array, array( 12, 45 ) ); 
}
add_filter( 'wp_list_pages_excludes', 'my_banned_pages' );