Как правильно включать файлы в тему WordPress TwentyTen с собственными скриптами jquery и css?

Вам нужно иметь скрипт в отдельном файле (обычно это будет filename.js; я полагаю, filename.php будет работать?).

Затем вам нужно зарегистрировать и поставить этот файл сценария в очередь, используя wp_register_script() иwp_enqueue_script()

например:

function mytheme_register_custom_scripts() {
    if ( ! is_admin() ) {
        $scriptsrc = get_stylesheet_directory_uri() . '/scripts/filename.js';
        wp_register_script( 'mytheme_slider', $scriptsrc );
    }
}
add_action( 'after_setup_theme', 'mytheme_register_custom_scripts' );

function mytheme_enqueue_custom_scripts() {
    if ( is_home() ) {
        wp_enqueue_script( 'mytheme_slider' );
    }
}
add_action( 'wp_enqueue_scripts', 'mytheme_enqueue_custom_scripts' );

Обратите внимание, что регистрация скрипта должна произойти в after_setup_theme, но is_home() я не думаю, что в этот момент она будет недоступна, поэтому вам нужно отделить функцию постановки в очередь, чтобы она подключалась к wp_head, к этому времени is_home() она будет доступна.